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feb 19 2011

Informall

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Informall

Base de datos sobre alimentos alergénicos del Proyecto comunitario “Informall” de la Unión Europea.
Ofrece información sobre las características clínicas de las manifestaciones alérgicas en conjunto con la información bioquímica sobre los componentes alergénicos (propiamente alergenos) de los alimentos.
Esta información complementa otras bases de datos que describen en primer lugar a las moléculas alergénicas.

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feb 16 2011

Allergome.org: la mas amplia base de datos de alergenos

logo allergome


Por Alexis Labrada, DrC.

El sitio web “Allergome“, cuyo nombre traducido al español sería “alergoma” (en analogía  a genoma y proteoma) significaría el conjunto completo de alergenos que produce una célula u organismo. La base de datos, fundada en 2002, contiene ya más de 2000 alergenos identificados por su secuencia de ADN  o péptídica, así como datos de alergenos naturales no caracterizados aún completamente y, en ese sentido, es mucho más abarcadora que la base datos oficial allergen.org del Comité Internacional de Nomenclatura de Alergenos de la IUIS. No obstante, los algoritmos de búsqueda permiten limitar la misma a los alergenos “oficiales” marcados correspondientemente, si así se desea.

Allergome es un sitio web de acceso libre y abierto a la colaboración con toda la comunidad científica. Además del inglés, idioma principal de la base de datos, la búsqueda puede realizarse también en español  entre otros idiomas.

El sitio ofrece información con citas bibliográficas sobre cada una de las moléculas alergénicas incluidas. Además de las secuencias de las mismas, que incluyen los epítopes conocidos, se incluye también información sobre su actividad alergénica, importancia epidemiológica, detección ambiental y otros estudios clínicos. Los alergenos incluidos han sido identificado como causantes de enfermedades alérgicas o atópicas mediadas por IgE (anafilaxia, asma, dermatitis atópica, conjuntivitis, rinitis, urticaria) y los datos provienen de revistas científicas indexadas (partiendo de la década del 60)  y otros recursos  web. La base actual contiene más de 18 000 referencias a artículos y se actualiza constantemente.

Las moléculas alergénicas se incluyen en esta base de datos, independientemente de sus respectivas fuentes alergénicas (animales o plantas) y de sus tejidos de origen (epidermis, frutas, polen, semillas, esporas, venenos, cuerpo completo, orina, leche, etc.), o de sus rutas de ingreso o exposición (por contacto, ingestión,  inhalación, inoculación, etc.). En la actualidad (2010) el número de alergenos incluidos alcanza 2052, de ellos 99% lo son en humanos, ya que se incluyen también moléculas que resultan alergénicas en otros mamíferos.

Se dedica una monografía a cada molécula alergénica (coloreadas de azul), la cual se divide en cuatro partes:

1.       Una página de información general que contiene datos para la identificación del alergeno y su relación con otros alergenos en Allergome, entre ellos aparecen datos epidemiológicos y referencias bibliográficas sobre sus propiedades, origen, taxonomía y función biológica.

2.       Página de secuencias parciales o totales y secuencias de epítopes. Se refieren 6798 secuencias, de ellas 31% son completas, incluyendo variantes e isoformas. También 682 estructuras tridimensionales.

3.       La página de la forma “nativa” que contiene datos sobre su alergenicidad en su conformación natural.

4.       Las páginas de las  “formas recombinantes” que contiene datos sobre la alergenicidad de la proteína obtenida por medio de clonaje molecular e ingeniería genética. Estas páginas se nombran de acuerdo al vector de expresión empleado para producir la molécula recombinante. Se refieren algo más de 1000 proteínas recombinantes.

La base de datos no incluye compuestos de bajo peso molecular causantes de manifestaciones alérgicas no mediadas por IgE (por ejemplo, dermatitis por contacto, y alergia a medicamentos) ni moléculas asociadas a inmunopatologías no mediadas por IgE (por ej. enfermedad celíaca). También se excluyen otras sustancia causantes de las llamadas reacciones  “pseudoalérgicas” o de intolerancia (por ej. intolerancia a alimentos).

En adición a los alergenos propiamente definidos (moléculas alergénicas), la base de datos contiene también fuentes alergénicas naturales, incluso cuando las mismas  aún no tiene identificadas sus moléculas alergénicas. En particular, se refieren cerca de 3000 fuentes alergénicas, 65% de ellas, son alergénicas para los humanos. Una buena cantidad, 35% no tiene aún alergenos identificados propiamente. Éstas se distinguen en la base con el color rojo, mientras que las que contienen alergenos identificados muestran color verde.

Allergome se distingue también por ofrecer información en cada monografía sobre la disponibilidad de productos comerciales, extractos alergénicos, alergenos purificados, pruebas de IgE in-vitro, suministradores de materia prima alergénica, anticuerpos monoclonales y kits para determinación ambiental de alergenos o fuentes alergénicas.

Allergome está concebido para profesionales que trabajen en el campo de la alergia y la inmunología. Los datos que contiene, y lo más importante, la forma de presentarlos, concentrarlos y relacionarlos, son de gran utilidad para los investigadores en este campo, pero también para los alergólogos clínicos, ayudando a procesar la enorme cantidad de información generada en los últimos tiempos en este campo interdisciplinario. La información tiene una gran cantidad de enlaces a otros sitios web de libre acceso.  Los usuarios tienen la posibilidad de inscribirse a un boletín electrónic: y mantenerse informados de las nuevas incorporaciones y cambios en el último mes.

Esta importante base de datos ha servido ya de plataforma tecnológica para proyectos de investigación y colaboración entre instituciones científicas, aplicando herramientas de bioinformática, e incorporando datos experimentales y clínicos. Sus datos están disponibles para su uso en cualquier trabajo de investigación

Referencias

Mari A, Rasi C, Palazzo P, Scala E. Allergen databases: current status and perspectives. Curr Allergy Asthma Rep 2009;9:376-83
Mari A, Scala E, Palazzo P, Ridolfi S, Zennaro D, Carabella G. Bioinformatics applied to allergy: Allergen databases, from collecting sequence information to data integration. The Allergome platform as a model.
Cell Immunol 2007;244:97-100
Mari A, Scala E. Allergome: a unifying platform. Arb Paul Ehrlich Inst Bundesamt Sera Impfstoffe Frankf A M. 2006;(95):29-39; discussion 39-40.

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